Πρόκειται για ένα από τα μεγαλύτερα σπήλαια της Ελλάδος με επιφάνεια 3400μ. και μήκος 145 μ. Η απαράμιλλη και σπάνια φυσική ομορφιά του, καθηλώνει τον επισκέπτη και το καθιστά ως ένα από τα ωραιότερα της Κρήτης. Βρίσκεται στην θέση Σκαφίδια των Ζωνιανών που η απόσταση τους από το Ρέθυμνο είναι 45 χλμ. Ο περιηγητής μπορεί εύκολα να οδηγηθεί σε αυτό ακολουθώντας τον δρόμο αριστερά, μετά το χωριό που οδηγεί στην Αξό.
Το 1956 ξεκίνησε η πρώτη συστηματική σπηλαιολογική εξερεύνησή του, από τους Σπηλαιολόγους Ιωάννη και Άννα Πετρόχειλου. Σύμφωνα με ανασκαφική έρευνα από το Υπουργείο Πολιτισμού, το 1987, το σπήλαιο των Ζωνιανών Ρεθύμνου χρησιμοποιήθηκε συστηματικά ως εποχική κατοικία κατα την Πρωτομινωική εποχή, ενώ καθώς φαίνεται η χρήση του, τυχαία τώρα, συνεχίστηκε και τη Ρωμαϊκή.
Μέσα στο σπήλαιο των Ζωνιανών επικρατεί απόλυτη, κατανυκτική ηρεμία η οποία διακόπτεται μόνο από τον ήχο των σταγόνων του νερού οι οποίες με την πτώση τους, σμιλεύουν στην πάροδο του χρόνου, εντυπωσιακούς σταλαγμίτες, σταλακτίτες, κολόνες και τοίχους. Το σκοτεινό περιβάλλον δεν μπορεί να καλύψει την μοναδική ιδιαιτερότητα αυτού του σπηλαίου, την σπάνια έγχρωμη λιθωματική διακόσμησή του.